Перша письмова згадка про місто була датована 1431 роком, а у грамоті Владислава Ягайла від 13 грудня 1433 року говориться про передачу Вашківців молдовському воєводі Стефану. Наступні 342 роки (з 1433 по 1775 р.) Вашківці перебували у складі Молдовської держави, а з 1775 року входили до Австро-Угорщини. В цей час власниками села були брати Микола та Йордаки Русети. Їх права на село підтверджені австрійською комісією 12 березня 1782 року. 8 червня 1805 року брати Русети обмінюють свої буковинські маєтки на волоські володіння Теодора Мустаце. У 1808 році Вашківці дісталися барону Петріно.
У 1848 році вашківецькі селяни взяли участь у повстанні під проводом Лук’яна Кобилиці. Внаслідок повстань барон Петріно одним з перших в краї скасував панщину у вашківецькому маєтку.
На початку XIX ст. Вашківці стають центром судової округи, а з 1903 року — містом, центром новоутвореного Вашківецького повіту З 1811-1812 рр. відомі найдавніші відбитки печатки Вашківців з самобутнім гербом: дерево, під яким вовк, що біжить.
У другій половині XIX ст. на початку ХХ ст. у Вашківцях виникає ряд дрібних капіталістичних підприємств. У 1873 році була відкрита гуральня Гросмана, Фрейтога і вольцовий млин Таца.
27 листопада 1918 року місто як і вся Буковина перейшло під владу Румунії, де воно перебувало у складі жудеця Сторожинець. 28 червня 1940 року зайняте радянськими військами. У 1941—1944 роках — знову під владою Румунії. З 1944 року у складі Радянського Союзу, а від 1991 року — незалежної України.
